Bon, histoire de ne pas laisser ce topic sans réponses, je vais au moins faire part de mes recherches, à défaut d'avoir trouver la solution !
Donc l'indice nous amènes à la règle des douzièmes pour calculer la hauteur des marées.
On peut remarquer que la série de nombre n'est composé que de multiples de 3, 5 et 7 :
27 = 3*3*3
9 = 3*2
25 = 5*5
9 = 3*3*3
15 = 3*5
45 = 3*3*5
15 = 3*5
35 = 5*7
Mais peut-être n'est-ce qu'un coïncidence...
Si on compte les douzièmes (+1/+2/+3/+3/+2/+1/+1/+2 etc...) en commençant à 0, on a :
0 1 3 6 9 11 12 13 15 18 21 23 24 25 27 30 33 35 36 37 39 42 45 47 48 49 etc...
où on retrouve nos nombres. En prenant les lettres correspondantes, on obtient
oeneiwir (pour a=0) ou ndmdhvhq (pour a=1)

voilà, pour l'instant j'en suis là...

L'indice menant à la méthode de cryptage se trouvait dans la phrase "le pêcheur vit au rythme des marées"
L'alphabet était donc codé avec la méthode des douzièmes comme l'a trés bien compris  et expliqué Barbabulle.
Il fallait  découvrir la jolie ville de Lekeitio, port de la côte Basque Espagnole adossé à la montagne et bien connu des pêcheurs du golfe de gascogne.